Ένας γενικός γραμματέας υπουργείου είναι αναπόσπαστο κομμάτι της διοικητικής αλυσίδας και ηγείται των υπηρεσιών του υπουργείου τις οποίες επανδρώνουν δημόσιοι υπάλληλοι.
Τούτου δοθέντος, αυτός καθίσταται άμεσα υπάλληλος και μάλιστα στην κορωνίδα της διοίκησης πράγμα που τον διακρίνει από τα πολιτικά πρόσωπα η τους συμβούλους του υπουργού των οποίων η εργασιακή σχέση είναι διαφορετική.
Όταν άλλες κρατικές δομές πέραν των υπουργείων αλλά ίδιας τάξης μεγέθους έχουν αντίστοιχη οργάνωση, γιατί να αποτελεί παράδοξο η συνάφεια στη μισθολογική κλιμάκωση; Ποιο παράδοξη είναι η θεσμοθετημένη με νόμο εξάρτηση των μισθών των δικαστικών -οι οποίοι είναι κρατικοί υπάλληλοι- με αυτήν της πολιτικής ηγεσίας (ο πρόεδρος του Αρείου Πάγου αμείβεται με βάση το μισθό του Προέδρου της Δημοκρατίας), παρά διαφόρων δημοσίων υπηρεσιών μεταξύ τους.